Infrabel onderzocht vier alternatieven die de bereikbaarheid van en de veiligheid in Lissewege garanderen. Daarnaast werden ook geluidsmaatregelen bestudeerd. Dit gebeurde in nauw overleg met de stad Brugge, de afdeling Wegen en Verkeer West-Vlaanderen en andere betrokken overheden.
Alternatief 1: overweg behouden
De overweg blijft nog enkele jaren behouden tot er een definitieve oplossing is voor het toenemende spoorverkeer. Op voorwaarde dat er een aantal maatregelen worden genomen die de wachttijden aan de overweg zoveel mogelijk beperken.
Alternatief 2: Bundeling van de N31 Expressweg en de spoorlijn
- Er moeten veel huizen onteigend worden langs de N31.
- De spoorlijn sluit pas aan in het midden van de nieuwe aankomst- en vertrekbundel Zwankendamme, wat de exploitatie van de bundel onmogelijk maakt.

Alternatief 3: Spoorlijn aanleggen in een sleuf

Alternatief 4: De overweg wordt vervangen door een onderdoorgang voor fietsers en voetgangers OF een éénbaanstunnel met een afzonderlijke fietsers- en voetgangerstunnel, al of niet in combinatie met een ontsluitingsweg ten zuiden of ten noorden van Lissewege



Deze alternatieven werden opgenomen in het project-MER modernisering en uitbreiding Zeebrugge-Vorming. Het project-MER werd op 22 november 2011 goedgekeurd door de Dienst Mer van de Vlaamse overheid.